Во время грузино-абхазской войны Мелитон Кантария вместе с семьёй был вынужден уехать в Тбилиси, а потом в 1993 году в Москву вместе со своими детьми. С помощью комитета ветеранов ему удалось получить для своей большой семьи лишь временную небольшую однокомнатную квартиру на окраине.
Его поставили на льготную очередь, которая подошла только после его смерти (семья получила новую квартиру).
Умер 26 декабря 1993 года в поезде по пути в Москву,куда ехал получать статус беженца. Свидетельство о смерти было выдано городской клинической больницей № 64 города Москвы, где в траурном зале проходило прощание, на которое никто из официальных лиц не пришёл. Из-за военных действий на родовом кладбище в Абхазии его похоронить не удалось.
В начале января 1994 года Кантария был перезахоронен в Джвари Цаленджихского района (западная часть Грузии), на территории третьей общественной школы. С 2011 года эта школа носит имя Мелитона Кантария. В мае 2015 года на могиле героя был установлен бронзовый бюст.
5 октября 2020 года, исполнилось 100 лет со дня его рождения.
Вечная память...
Journal information